Epoka Habsburgów rozpoczęła się w 1527 roku, kiedy to Śląsk stał się ich domeną po klęsce węgierskiego Jagiellona w bitwie pod Mohaczem. Za koniec uważamy rok 1763, kiedy to na skutek Wojen Śląskich region stał się własnością Prus.
Na przełomie średniowiecza i renesansu zawitał do Jawora protestantyzm, który na długo odmienił cały region.  Początek epoki Habsburgów przyniósł wielkie wstrząsy kulturowe i społeczne. Szesnaste stulecie to w historii Jawora "Złoty Wiek". miasto przez ponad sto lat cieszyło się okresem niezmąconego spokoju i konsekwentnego budowania. Wprawdzie nigdy nie odzyskało swojej pozycji politycznej z czasów udzielnego księstwa, jednak ówczesne osiągnięcia Jaworzan były, jak na ośrodek tej wielkości, imponujące. Wszystko skończyło się w 1618 roku, wraz z wybuchem Wojny 30-letniej. Dla Jawora jej finał był wstrząsającą tragedią, której skutki na trwałe określiły pozycję miasta wśród innych ośrodków Dolnego Śląska. Następne sto lat było tutaj wielką pracą nad odbudową i rozwojem miasta. Kolejny raz wszystko przekreśliła następna wielka wojna - konflikt o Śląsk między Habsrbugami i Hohenzollernami.